महाकाल मंदिर पहली बार कब अस्तित्व में आया, यह बताना मुश्किल है। हालाँकि, इसे प्रागैतिहासिक काल से जोड़ा जा सकता है। पुराणों में वर्णित है कि इसकी स्थापना सर्वप्रथम प्रजापिता ब्रह्मा ने की थी। महाकाल मंदिर की कानून-व्यवस्था की देखभाल के लिए छठी शताब्दी ईसा पूर्व में राजा चंद प्रद्योत द्वारा राजकुमार कुमारसेन की नियुक्ति का उल्लेख मिलता है। उज्जैन के पंच-चिह्नित सिक्के, जो चौथी-तीसरी शताब्दी ईसा पूर्व के हैं, उन पर भगवान शिव की आकृति अंकित है।